ใน คิงดอมฮาตส์ II ผู้พัฒนาได้พยายามปรับปรุงจุดด้อยจากระบบการเล่นของภาคก่อนหน้า แต่ยังคงมีระบบที่คล้ายคลึงกับ คิงดอมฮาตส์ ผู้เล่นจะควบคุมโซระโดยตรงจากมุมมองของกล้องแบบบุคคลที่ 3 หรือสามารถปรับเปลี่ยนเป็นมุมมองแบบบุคคลที่ 1 ก็ได้ การเล่นส่วนใหญ่จะอยู่บน interconnected field map ที่มีการต่อสู้เกิดขึ้น เกมจะดำเนินไปแบบเส้นตรงจากเหตุการณ์หนึ่งไปสู่เหตุการณ์ต่อไป ซึ่งปกติแล้วจะแสดงในรูปของคัตซีน และยังมีเควสต์เสริมมากมายที่จะมีโบนัสสำหรับตัวละคร

คิงดอมฮาตส์ II ใช้ระบบ Experience Point สำหรับกำหนดการพัฒนาของตัวละครเช่นเดียวกับเกมอาร์พีจีเกมอื่น ๆ เมื่อตัวละครปราบศัตรูได้ ผู้เล่นจะได้รับ Experience ที่ส่งผลให้เกิด "level up" แล้วตัวละครจะแข็งแกร่งมากขึ้นและได้รับความสามารถใหม่ ๆ นอกจากนี้+ทั้งใน คิงดอมฮาตส์ และ คิงดอมฮาตส์ II จะมีระบบปรับแต่งตัวละครอย่างถาวรผ่าน Tutorial สั้น ๆ ที่จุดเริ่มต้นของเกม

การต่อสู้ใน คิงดอมฮาตส์ II มีลักษณะเป็น real time และต้องใช้ปุ่มกดสำหรับสั่งให้ตัวละครบนหน้าจอโจมตี รายการคำสั่งที่คล้ายกับในซีรีส์ ไฟนอลแฟนตาซี จะปรากฏขึ้นที่หน้าจอด้านล่างซ้าย ประกอบด้วยคำสั่งอื่น ๆ สำหรับต่อสู้นอกเหนือจากโจมตี เช่น ใช้เวทมนตร์ เรียกตัวละครพิเศษมาช่วยต่อสู้ หรือประสานการโจมตีร่วมกับตัวละครอื่น ๆ ในกลุ่ม สิ่งที่เพิ่มเข้ามาใหม่คือ Reaction Command เป็นคำสั่งโจมตีพิเศษแบบเจาะจงศัตรูที่จะเกิดขึ้นเมื่อผู้เล่นกดปุ่มสามเหลี่ยมในเวลาที่ถูกต้องขณะต่อสู้ Reaction Commands สามารถใช้เพื่อปราบศัตรูธรรมดาหรือหลีกเลี่ยงการถูกโจมตี และบางครั้งก็จำเป็นต่อการปราบ Boss ด้วย นอกจากตัวละครหลักแล้ว โดยปกติจะยังมีตัวละครอีก 2 ตัวในกลุ่ม ซึ่งจะมีส่วนร่วมในการต่อสู้ด้วย แม้ว่าตัวละครเหล่านี้มีคอมพิวเตอร์ควบคุม แต่ผู้เล่นก็สามารถกำหนดพฤติกรรมของตัวละครได้ผ่านทางหน้าจอเมนู เช่น โจมตีศัตรูที่โซระเล็งเป้าหมายไว้

ในส่วนของ Gummi Ship จากภาคแรกได้นำมาปรับปรุงใหม่ให้มีความสนุกสนานมากขึ้นเพื่อสนองตอบตามคำวิจารณ์ของผู้เล่น โดยในภาคนี้ Gummi Ship ยังคงมีจุดประสงค์พื้นฐานเพื่อการเดินทาง แต่ได้นำระบบเก่ามาพัฒนาใหม่โดยผสมผสานระหว่าง rail shooter และ "Disney theme park ride" ผู้เล่นจะต้องบังคับ Gummi Ship ในแผนที่โลกด้วยมุมมองจากด้านบน และบินไปสู่โลกที่ผู้เล่นต้องการเข้าไป โลกต่าง ๆ นั้นไม่ได้เปิดตั้งแต่จุดเริ่มต้นของเกม ผู้เล่นจะต้องเปิดเส้นทางไปสู่โลกเหล่านั้นโดยเข้าไปใน level ใหม่ แล้วควบคุมยานจากมุมมองบุคคลที่ 3 เพื่อต่อสู้กับยานของศัตรู หลังจากเปิดเส้นทางได้แล้ว ผู้เล่นจึงจะสามารถเข้าไปยังโลกที่อยู่ในเส้นทางนั้นได้ นอกจากว่าโลกนั้นจะถูกปิดกั้นตามเนื้อเรื่อง

Drive Gauge

หนึ่งในสิ่งใหม่สำหรับภาคนี้คือ meter ที่เรียกว่า Drive Gauge ซึ่งจะไม่ recharge ที่จุดเซฟเหมือน Hit Point และ Magic Point โดย Drive Gauge จะมีหน้าที่ 2 ประการ คือ ใช้สำหรับแปลงร่างให้เป็น "Drive Form" หรือเรียกตัวละครพิเศษ ขณะที่อยู่ใน Drive Form โซระจะประสานพลังกับสมาชิกในกลุ่มทำให้แข็งแกร่งมากขึ้นและได้รับความสามารถใหม่ ๆ เช่น บาง Form สามารถถือ Keyblade ได้พร้อมกัน 2 เล่ม และใน Drive Form เหล่านี้ค่าพลังต่าง ๆ ในการต่อสู้ของโซระจะเพิ่มมากขึ้น แต่จะมี Form หนึ่งที่ทำให้ค่าพลังลดลง นอกจากนี้ Drive Form ยังทำให้โซระได้รับความสามารถที่สามารถใช้นอกการต่อสู้ได้ ในตอนแรก Drive Form จะประสานพลังกับสมาชิกในกลุ่มอีกหนึ่งตัวเท่านั้น เมื่อได้รับ Form ใหม่ จึงจะสามารถประสานพลังกับสมาชิกทั้งสองได้ ขณะที่โซระอยู่ใน Drivr Form สมาชิกในกลุ่มจะออกจากการต่อสู้ไปตามระยะเวลาของ Drive Gauge

นอกจากนี้ โซระยังสามารถเรียกตัวละคร Disney มาช่วยเหลือในการต่อสู้ได้เช่นเดียวกับภาคแรก ตัวละครที่เรียกมานี้จะมาแทนที่ตัวละคร 2 ตัวที่ต่อสู้ร่วมกับโซระในขณะนั้นจนกว่า Drive Gauge จะหมดลง จากภาคก่อนหน้าที่ตัวละครพิเศษจะถูกจำกัดความสามารถไว้เพียงอย่างเดียว ในภาคนี้ตัวละครพิเศษจะมีรายการคำสั่งเป็นของตนเองซึ่งสามารถกระทำคำสั่งใด ๆ เพียงตัวเดียวหรือทำร่วมกับโซระก็ได้ ความสามารถในการเรียกตัวละครพิเศษและ Drive Form แต่ละรูปแบบจะ level up ต่างหากจากกันและมีเกณฑ์ที่แตกต่างกัน เมื่อมี level สูงขึ้นจะมีคำสั่งให้ใช้ได้มากขึ้น และในกรณีของ Drive Form ก็จะได้รับความสามารถใหม่ ๆ ด้วย การได้Drive gaugeเต็ม ง่าย ๆ แค่เปลื่ยนเป็นฟอร์มดฟอร์มนึงแล้วเปลื่ยนโลกจะได้Drive Gaugeเต็ม